C'est désormais un droit acquis : les transporteurs sont admis à récupérer en crédit de TVA les montants de la taxe « cachée » qu'ils ont, de fait, versés entre le 1er janvier 1996 et le 31 décembre 2000 sur les péages autoroutiers (20,6 % jusqu'au 31 mars 2000 et 19,6 % ensuite). Le 29 juin 2005, une décision du Conseil d'Etat (L'OT 2325) a en effet annulé deux obstacles à cette récupération. A savoir une lettre administrative du 27 février 2001 qui prévenait la profession, via la FNTR, qu'elle ne pourrait être remboursée et une instruction fiscale du 15 janvier 2003 qui interdisait aux sociétés concessionnaires d'émettre des factures rectificatives mentionnant le taux et les montants de TVA à des fins de régularisation. Rien ne s'oppose donc plus, en principe
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